载体蛋白和通道蛋白的相同点在于：它们都是膜蛋白，都参与物质的跨膜运输。
不同点主要体现在以下几个方面：
- 结构：载体蛋白通常具有与被运输物质特异性结合的位点，结构会发生变化；通道蛋白则形成亲水性通道，结构相对固定。
- 运输方式：载体蛋白进行的是与被运输物质结合然后发生构象变化的介导扩散；通道蛋白则是形成通道让物质顺浓度梯度或电位梯度进行扩散。
- 运输速率：载体蛋白的运输速率一般较慢；通道蛋白的运输速率相对较快。
- 特异性：载体蛋白对被运输物质具有较高的特异性；通道蛋白的特异性相对较低，有的通道蛋白只允许特定大小和电荷的离子通过。
- 饱和性：载体蛋白的运输存在饱和现象；通道蛋白通常没有饱和现象。